Durante los estudios para los Planes Maestros para la ciudad y el cantón se establecieron tres zonas diferenciadas en el área rural: las cabeceras parroquiales, zonas especiales con proyección de crecimiento, y el sector rural restante. Los dos primeros fueron considerados dentro de los sistemas principales manejados por la Empresa, por ello desde las plantas que abastecen de agua a la ciudad también se cubren los centros parroquiales de 7 de las parroquias más grandes, y todos los sectores periurbanos que han tenido el mayor crecimiento poblacional, con las mismas condiciones de servicio que para el área urbana.

En cuanto a los sistemas rurales que por su ubicación geográfica requieren de soluciones independientes, y de menor tamaño, se cuenta con una política única de tarifas y operación de sistemas. En los sistemas rurales no se cuenta con telemetría en reservas, el control de calidad en redes es quincenal en sistemas medianos y mensual en pequeños. Todos los clientes de ETAPA tienen micromedición y frecuencias mensuales de lecturas